工作超过12小时后才给加班费，是否合法？

不合法。依据《劳动法》规定，超时工作应算加班并支付加班费。若不及时处理，将损害劳动者权益，影响工作积极性，甚至导致劳动纠纷。
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不合法。处理方式：1.与用人单位沟通，要求按规定支付加班费；2.若沟通无果，收集加班证据，如工时记录、工资条等；3.向劳动仲裁委员会提起仲裁，要求支付加班费及可能的经济补偿。
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可申请劳动仲裁或协商。建议先与用人单位沟通，若协商无果，再准备加班证据申请劳动仲裁，以法律手段维护自身权益。